Kaitsealal on kolm sihtkaitsevööndit:
1. Malusi sihtkaitsevöönd, kuhu kuuluvad Põhja-Malusi, Lõuna-Malusi ja Vahekari saared;
2. Rammu sihtkaitsevöönd, kuhu kuuluvad Rammu ja Koipsi osaliselt ning Allu ja Laiakari saared
3. Rohusi sihtkaitsevöönd, kuhu kuuluvad Rohusi ja Umblu saared.
Kõigi sihtkaitsevööndite koosseisu kuulub ka neid saari ümbritsev veeala mis ei kuulu Jõelähtme valla haldusalasse.
Kaitseala piiranguvöönditest jääb kaks Jõelähtme valda:
1. Rammu piiranguvöönd, kuhu kuulub Rammu saarel maa-ala, mis ei kuulu Rammu sihtkaitsevööndisse, ja
2. Koipsi piiranguvöönd, kuhu kuulub Koipsi saarel maa-ala, mis ei kuulu Rammu sihtkaitsevööndisse.
Pirita jõeoru maastikukaitseala on moodustatud ENSV MN 11.07.1957.a. määrusega nr. 242 loodud maastikulise keeluala „Pirita jõe alamjooksu org” baasil. Kaitsealast jääb Jõelähtme valda Nehatu piiranguvöönd (32 ha).
